四大宗门之首的玄灵宗，多年来第一次来临水城选拔弟子，方秦两家围绕这一个将决定二者命运的契机，展开明争暗斗。最终，秦南依靠潜心修炼、绝佳天资以及奇遇所得的战神之魂，在使者萧轻雪的公正判罚下，成功扭转颓势战胜方家。进入宗门后，秦南因卷入萧轻雪被逼婚一事，惹来宗主之子欧阳君的仇视。为了不断变强，报答萧轻雪的知遇之恩，秦南屡破强敌，连夺万象大比、外门大比第一、与四大宗门天才共闯武缘阁，并获得搅动大陆的惊天秘密，与冷锋约战生死殿、破北海家围困临水城之难，探索九字真言塔，誓与宗门恶势力战斗到底。
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古神之地后，修魔内海永夜魔城一夜崛起，为拓展领地，不断对修魔海周边宗门下手，其中也包括了李慕婉所在云天宗。李慕婉在护门大战中身中奇毒，性命攸关，王林得知此事后，携其再次闯入修魔内海，王林以化神初期修为力战三大城主，名震修魔内海，带回解药救下李幕婉，却发现危机并未解决，千年阴谋浮出水面。最终凭借二人情愫及化神后首次与古神之身合体，联手斩灭魔尊。
平静明媚的一天，大海上突然传来路飞（田中真弓 配音）撕心裂肺的哀号，原来在他睡觉的时候，他最最钟爱的那顶草帽竟然不翼而飞。了解到草帽的重要意义，草帽海贼团的伙伴们齐心协力帮他寻找。在这一过程中，乔巴等人还救助了一个奄奄一息的老海贼（山口智充 配音）。不久，众人发现一只奇怪的秃鹫叼着路飞的草帽在空中盘旋，于是众人从天上到海上展开了一场大追逐。与此同时，海军也集结了最强大的力量围捕草帽海贼团。为了一顶草帽，空前绝后的战争由此上演……本片为漫画家尾田荣一郎原著《海贼王》第11部剧场版动画，首次采用3D制作，与3D版《美味猎人》同时公映。
