与莉可、罗伊以及帕底亚地区的三只最初的宝可梦们一起踏上激动人心的宝可梦世界冒险之旅吧！
那还是人与非人的世界未曾分开的远古故事。
20XX年，飞鹰纲木以兽人特训生的身份来到朝香麻理的班级，生活在一个兽人与人类共存的小镇。麻理初次遇到兽人，对这个存在感到困惑，但随着与他同班相处的时间逐渐增加，她开始注意到善良纯洁的纲木的魅力。
从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」，被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。在社会获得显著发展的背后，恐怖的怪物出现了。吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
